En esta temporada, los peripatéticos estarán a punto de acabar segundo de Bachillerato y Merlí se quedará descolocado con la llegada de una nueva profesora, Silvana, que se ganará la simpatía de los alumnos y cuestionará el liderazgo de Merlí. Sin su hijo Bruno, que continua en Roma, y con Carmina de gira teatral, Merlí volverá a vivir solo, un hecho que no llevará muy bien. La filosofía seguirá siendo uno de los rasgos distintivos de la serie, y pensadores como Hannah Arendt, Albert Camus y Karl Marx protagonizaran algunos de los capítulos de la tercera temporada.