El Pabellón Municipal de Deportes Girona-Fontajau está estructurado en dos niveles, uno para el público (el nivel alto) y otro de uso restringido a los deportistas (el nivel bajo) con entradas diferenciadas. Su capacidad es de 5.500 espectadores en actividades deportivas y, en otras actividades (con ocupación de la pista), se puede llegar hasta los 5. 774 espectadores.

Las dimensiones de la pista principal son de 40 x 20 metros, y las de la pista auxiliar de 33 x 19. También dispone de una sala de actividades dirigidas y una de musculación. Los espacios complementarios están formados por cuatro vestuarios colectivos, dos vestuarios para técnicos y arbitros, sala de prensa, sala de reuniones, enfermería y oficinas.